In Minecraft: Story Mode krijg je de controle over protagonist Jesse die samen met een groep vrienden de Order of the Stone eert; een kwartet avonturiers dat een Ender Dragon heeft afgeslacht en het beste is in wat het doet. Maar... er loopt iets fout en de groep vrienden dient er alles aan te doen om de orde te vinden, willen ze hun wereld redden van de vergetelheid.
