XCOM 2 brengt spelers 20 jaar verder in de toekomst. De mensheid heeft de oorlog verloren. Nu regeren de buitenaardse wezens over de aarde. Ze bouwen gigantische nieuwe steden, met gebouwen die een mooie toekomst voor de mensheid beloven. Al deze steden verbergen echter een kwaadaardige agenda van de buitenaardse leiders, iedereen die tegen hen ingaat word uit de weg geruimd. De geheime paramilitaire organisatie die bekend staat als XCOM is vrijwel vergeten, en moet terugslaan om de heerschappij op aarde en de mensheid terug te winnen en te bevrijden van de buitenaardse wezens.
