Team GO Rocket Grunts en Leaders vallen binnen vanuit de lucht en het schijnt zelfs dat überslechterik Giovanni ook van de partij is. Om de zoveel uur verschijnen ze in-game. Je kan ze dan aantikken, je party selecteren en hen proberen te verslaan om hun Shadow Pokémon te bevrijden.
Om de ballonnen te vinden die bestuurd worden door Sierra, Cliff of Arlo moet je trouwens een Rocket Radar equippen. Een Super Rocket Radar laat je toe om de baas van Team Rocket - Giovanni - zelf aan te pakken.