Vijf jaar na de gebeurtenissen van XCOM 2 werken mensen, hybriden en aliens nu samen om een beschaving van co-existentie te smeden. Echter steunen niet alle inwoners op Aarde de interspecies-alliantie.
City 31, een model van vrede in een wereld na de invasie, wordt tegengewerkt door mysterieuze groepen die deze delicate interspecies-alliantie willen verbrijzelen. Chimera Squad, een elitemacht van menselijke, hybride en buitenaardse agenten, moet samenwerken om de ondergrondse bedreigingen die de stad naar chaos drijven te vernietigen.
