In dit derde deel van de, mogen we zeggen legendarische (?), Shenmue-serie kruipen we in de huid van Ryo, een 18-jarige Japanse vechtsportkunstenaar, die de dood van zijn vader wil wreken. Daarbovenop wil hij ook het mysterie achter de Phoenix Mirror oplossen, een artefact waar de moordenaar van zijn vader naar op zoek is.
Ryo's avontuur leidt hem naar steden en bergdorpen waar hij zijn training kan voortzetten, een gokje kan plaatsen, arcadegames kan spelen en deeltijds kan werken terwijl hij onderzoek doet naar mensen die de waarheid kennen achter de Phoenix Mirror.
