Het principe is hetzelfde als dat van de 'oude' Dr. Mario-games. Ook in deze Dr. Mario World moet je dus drie pillen van een zelfde kleur matchen om virussen te vernietigen. Naast Dr. Mario zelf loop je ook andere bekende personages uit het Mushroom Kingdom tegen het lijf, waaronder Yoshi, Toad, Peach en Bowser.
Elke dokter heeft bovendien zijn eigen speciale abilities, en je kan ook meer dokters aanschaffen door coins (in-game munteenheid) of diamanten te gebruiken. Inderdaad, deze titel bulkt eveneens van de microtransacties.
En dus kan je met 'echt' geld diamanten aankopen, de game’s premium currency, om je stamina weer aan te vullen, bepaalde items aan te schaffen, een volgend level te bereiken of dus andere personages aankopen.
